La puerta no encaja del todo por los.lados al cerrar automáticamente

Comprueba si manualmente encaja bien empujando desde arriba desde el mismo punto que empuja el motor. Si no te encaja bien ahí puede ser debido a la parte mecánica de la puerta. Si con la mano consigues cerrar prueba a volver a grabar el recorrido del motor para que cierre un poco mas.