Solamente cambie la polea final y el porton empezo a trabajar al reves, cuando deberia empezar a abrir intenta cerrar aun mas

No tiene relación en principio que cambiando la polea el motor se te invierta. ¿Quizás has soldado algo en la puerta teniendo tensión en el motor? Prueba a sustituir el condensador a ver si se te ha averiado y por eso provoca una inversión.